医院拥有4个国家临床重点专科、3个国家中医药管理局重点学科、5个国家中医优势专科、9个国家中医药管理局重点专科、14个省级重点专科、3个省级区域中医专科诊疗中心、4个省首批中医专科诊疗中心，并挂靠6个省级中医医疗质量控制中心。
| 科室 | 复旦排名（2023/2024年度榜） | 国家中医药管理局重点学科 | 国家临床重点专科/国家中医优势专科 | 省级重点专科 | 市级重点 | 院级优势 | 挂靠中心/平台 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 肛肠科 | 官方未统一披露（未上榜/提名记录） | √ 中医肛肠病学（高水平中医药重点学科建设） | √ 国家临床重点专科；√ 国家中医优势专科 | √ | — | √ | 湖南省肛肠疾病防治研究中心、省中医肛肠质控中心、省肛肠专科医联体牵头、省中医肛肠优势专科集群牵头、全国中医肛肠疾病防治医疗协作共同体牵头单位 |
| 皮肤科 | 官方未统一披露（未上榜/提名记录） | √ 中医皮肤病学 | √ 国家临床重点专科；√ 国家中医优势专科 | √ | — | √ | 国家中医药管理局三级实验室（中医皮肤科病理免疫实验室）、省中西医皮肤病专科医联体牵头、省区域中医专科诊疗中心、中华中医药学会皮肤病分会主任委员单位 |
| 骨伤科 | 官方未统一披露（未上榜/提名记录） | — | √ 国家临床重点专科 | √（含脊柱科） | — | √ | 国家中医药特色骨伤救治能力建设基地、省骨伤传统疗法治疗中心、省中医骨伤专科医联体牵头、省区域中医专科诊疗中心、省中医骨伤质控中心 |
| 妇科 | 官方未统一披露（未上榜/提名记录） | — | √ 国家临床重点专科；√ 国家中医优势专科 | √ | — | √ | 省中医专科诊疗中心相关专科（妇科为传统优势学科） |
| 脑病科（神经内/外科） | 官方未统一披露 | — | 国家中医药管理局重点专科 | √ | — | √ | 中医特色中风康复省级临床医学研究中心 |
| 心血管内科 | 官方未统一披露 | — | 国家中医药管理局重点专科 | √ | — | √ | 省级学会心血管病专业委员会主任委员单位 |
| 脾胃病科（消化内科） | 官方未统一披露 | — | 国家中医药管理局重点专科 | — | — | √ | 省首批中医专科诊疗中心、省脾胃病专业委员会主任委员单位 |
| 耳鼻喉科 | 官方未统一披露 | — | 国家中医药管理局重点专科 | — | — | √ | — |
| 针灸科（针灸推拿康复科） | 官方未统一披露 | √ 中医康复学 | √ 国家中医优势专科 | √ | — | √ | 省针刀专业委员会主任委员单位 |
| 肺病科（呼吸与危重症医学科） | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | 湖南省肺病科中医优势专科联盟牵头（2026年成立） |
| 感染科 | 官方未统一披露 | — | √ 国家中医优势专科 | — | — | √ | 国家中医疫病防治基地依托科室 |
| 肾病科 | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | — |
| 老年病科 | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | — |
| 肿瘤科（肿瘤血液科） | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | 湖南省肝癌多学科诊疗联盟常委单位 |
| 急诊科（危急重症医学科） | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | — |
| 泌尿外科（前列腺专科） | 官方未统一披露 | — | — | √（前列腺专科） | — | √ | — |
| 普通外科 / 乳腺外科 | 官方未统一披露 | — | — | √（普通外科） | — | √ | — |
| 治未病中心 / 预防保健科（健康管理中心） | 官方未统一披露 | — | 国家中医药管理局重点专科（中医预防保健科） | — | — | √ | — |
| 护理学 | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | 省中医特色护理技术专业委员会主任委员单位、省中医医院内科质控相关单位 |
| 中药学 | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | — |
| 中医男科 | 官方未统一披露 | — | — | √ | — | √ | — |
说明：复旦版《中国医院专科声誉排行榜》2023年度榜（2024年11月发布）与2024年度榜（2025年11月发布）中，未检索到该院专科上榜或获提名的权威公开记录，故各科室该列均标注"官方未统一披露"；市级重点专科名单官方未统一披露，以"—"表示。资质认定随国家、省级评审动态调整，以医院官网最新公示为准。
